腭裂发生的原因尚不完全清楚但认为与妊娠期食物中营养缺乏、内分泌异常、病毒感染及遗传因素有关。引起的原因有面部先天性畸形,可能是在胎儿早期胚胎发育过程中受到某些因素如遗传因素,影响因素,感染,或是损伤,内分泌失调,物理因素,药物因素,烟酒及有毒化学物质刺激的影响。

腭裂患者的硬腭在骨骼组成上与正常人的硬腭完全相同,但在形态结构上有明显差异,主要表现为腭穹隆部裂开,存在有程度不等的裂隙,前可达切牙孔,甚者从切牙孔到达牙槽突;裂开部位的硬腭与鼻中隔不相连,造成口、鼻腔相通;在体积上患侧较健侧小.软腭的肌群组成虽与正常人的软腭相同,但由于软腭有不同程度的裂开,改变了软腭五对肌的肌纤维在软腭中线相交织呈拱形的结构,使之呈束状沿裂隙边缘由后向前附着在硬腭后缘和后鼻嵴,从而中断了腭咽部完整的肌环.因此,腭裂患者无法形成“腭咽闭合”,口鼻腔相通,同时也影响咽鼓管功能,导致吸吮、语音、听力等多种功能障碍.患者容易将液体食物误吸入呼吸道,反复引起吸入性肺炎.

因为唇腭裂的发生没有后天性获得的，都是先天性产生的。先天性唇腭裂是由于胎儿发育到3-12周时，在基因作用下，受环境因素的影响出现的一种畸形状态，导致唇部和腭部产生裂隙。先天性唇腭裂分为唇裂、腭裂或者是同时并发存在的。轻度的唇裂会累及红唇，重度的可以累及到白唇和鼻基底，甚至和腭裂相伴发可以一直裂到悬雍垂。

唇腭裂主要是在怀孕第4周到第10周期间，由于某些致病因素导致胎儿面部发育障碍所致。

目前医学认为可能的致病因素有：

①遗传因素：部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。

②感染和损伤：怀孕初期(2个月左右)的母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤可能成为唇腭裂的致病原因。

③母体怀孕期间患有如贫血、糖尿病、严重营养障碍等慢性疾病。

④怀孕期间服用某些药物：如镇静药、抗癫痫药及激素类药等。

⑤怀孕期间母体接受过大剂量X线照射。 　　因此，唇腭裂的预防关键在于怀孕早期。