1、下牙槽神经损伤：下牙槽神经主要支配下颌牙齿及下唇附近皮肤的感觉。由于该神经在下颌骨内行经的位置接近下颌骨矢状劈开术时切开的部位，在手术进行中有可能因震动与牵拉而损伤，或骨块固定时挫伤。受伤后会使得下唇附近皮肤的感觉变得不敏锐，发生的机会约为十分之一。约有百分之九十的患者在术后三、四个月后会逐渐改善恢复，但有少数人可能会恢复不完全，而下唇持续有感觉迟钝的情形。但是并不影响日常生活，且颜面各部分运动不受影响，不会有口角歪斜流口水的情形。
2、术后出血与血肿：由于手术范围内的骨膜都需要剥离，所以有可能发生血块淤积肿大，医学上称为血肿。发生机会约为百分之二十至三十。绝大部分的血肿很轻微，会自行吸收。只有极少数情况血肿量会很多，表示手术部位有持续出血的可能，此时有需要紧急至手术室止血的必要。
3、术后感染：所有的手术都有感染的机会。由于正颌手术的切口多在口腔内，术后若口腔卫生不良，以及生活作息不正常，都会增加感染的机会。整体而言，感染的机会约为百分之三。术后感染的处理，大部分只需在门诊追踪、服用抗生素治疗。部分情况可能需在门诊时稍微打开伤口，引流感染物，帮助复原。只有极少数需要住院，使用抗生素或再行清创治疗。
4、固定用钛板外露：基本上这些用来固定截骨处的钛钉或钛板是有钛合金制成，与人体组织的相容性很好，一旦置入，不需要另外移除。但有时因为伤口感染或愈合不良会有松动外露的情形，此时可以考虑在骨头愈合后，以局部麻醉的小手术来去除，时间约是在手术后半年。
5、口角皮肤擦伤：由于手术在口腔内，所有的器械都必须伸入口内，对口唇附近的皮肤，尤其是口角部分，约百分之五十甚至更多的机会造成一些浅层的皮肤擦伤，在一至二周会自行愈合，通常不会留下疤痕。
6、出血与备血：施行LEFORTⅠ型上颌截骨术或双颌手术时出血量会比较多，为了避免出血过多造成的问题，需要术中、术后安排输血。
7、行下颌矢状劈开、后推下颌病人术后可能会出现打鼾，甚至发生呼吸睡眠暂停综合症（OSAS）的可能。主要是由于下颌后推以后，口底及舌骨上肌群同时后缩，咽腔缩小。如伴发肥胖出现可能性更大。
8、脸型改变后的心理问题：在接受正颌手术后，脸部的特征会有很明显的改变。虽然手术的结果会使脸型比例变成正常，但有部分人会产生自我认同的问题。周边的亲友同事可能会因为脸型的差异不认识你，如果他们比较认同手术之前的脸型特征，在手术后有些无心的负面评价，这时便会造成心理上的压力与适应问题。