唇腭裂的原因目前尚不明确，遗传和环境的相互作用可能是导致唇腭裂的原因之一，较常见的因素如下：

1、唇腭裂患者后代发生唇腭裂的机会是正常人的3-4倍；

2、孕期接触不良环境也可引起唇腭裂，如孕早期接触放射线、服用感冒药等。

由于患儿出生后即可表现出唇部或腭部裂隙、畸形，因此唇腭裂的诊断较为直观。若患儿仅腭部裂隙、畸形，患儿父母无法发现。但是患儿饮水或吸奶时，将发生倒流或呛咳，此时到专业医生处就诊，大多数可以发现。唇腭裂胎儿期，妊娠五个月后，即可诊断出。

唇裂是胚胎发育时期，当面部发育时。中鼻突与侧鼻突未融合或者只是部分融合会造成唇部发育障碍，进而会造成唇裂。腭裂是由于前腭突与侧腭突部分融合或者是没有完全融合会造成腭裂。唇腭裂目前病因尚未完全明确，唇腭裂的治疗原则是需要口腔颌面外科，整形，外科口腔正畸课，语言训练课，精神心理科等多方面专家共同协作的序列疗法。

唇腭裂是由于胚胎在母体生长发育过程中受到某些不良因素的影响产生的，这些因素归纳起来为2种，一为遗传因素、2为环境因素.遗传因素也就是基因遗传，我们在临床上经常能发现唇腭裂婴儿中，在其直系或旁系亲属中，也有类似的畸形，这是由于某个基因的突变造成的.环境因素指的是胚胎生长发育的环境.母体是胚胎生长发育的温床，如果母体受到外界的干扰，就会影响胚胎发育，比如，孕妇在怀孕期间呕吐或偏食会影响营养的摄入，造成维生素A、B及钙、磷、铁、叶酸等缺乏；再比如孕妇妊娠时患病，特别是胚胎在第7周——第12周形成期间，患上了风疹，病毒性流感等，服用了一些药物，如可的松、苯海拉明、朴尔敏或某些安眠药，或接受了放射性物质，如同位素等，这些因素可能会使胚胎细胞发生突变，导致发生唇腭裂.

唇腭裂的具体形成原因未完全明了。有遗传因素，也有非遗传因素导致，并不绝对。目前认为可能引起唇腭裂的遗传和环境因素包括以下几个方面：

1. 遗传因素：双亲都正常生出唇腭裂患儿机率1/700，单亲唇腭裂生出唇腭裂患儿机率1/20，双亲都唇腭裂生育唇腭裂患儿机率1/4。

2. 环境污染：包括水、空气、食品、居住区域等环境的污染，如X线的照射，长期工作于电脑前。

3. 病毒感染：母体遭受感染病毒或妊娠初期遭受某种损伤导致胚胎发生唇腭裂等畸形，尤其是风疹病毒引起的感冒等，也可能导致唇腭裂的发生。

4. 营养因素：有人认为孕妇的营养不平衡会导致唇腭裂，如孕期呕吐严重等使母体和胎儿出现不同程度的营养不良；偏食可能造成营养摄入不够丰富和失衡，维生素、微量元素缺乏等。孕妇在孕期的营养应该保证，适量的维生素及其他微量元素应该及时补充。

5. 用药不当：多数药物进入母体后都能通过胎盘进入胚胎，如各种药物的副作用导致胎儿畸形，怀孕期间忌服抗癌、抗癫痫、激素等药物。

6. 内分泌影响：在小鼠的动物实验中，如给怀孕早期的母鼠注射一定量的激素，所生产的幼鼠中可出现腭裂。因此认为，在妊娠早期如孕妇因生理性、精神性及损伤性等诱发体内肾上腺皮质激素分泌增加，可导致唇腭裂的产生。

7. 年龄因素：年龄在20岁以下和35岁以上的女性会产生畸形儿的可能性比较大。

8. 胎儿缺氧：母体存在不同原因引起的贫血，使血液中氧气携带量不足以供给母子两方面正常生理代谢也可以导致唇腭裂畸形。

9.其他：如：吸烟、饮酒、营养不平衡、激烈的情绪波动等。

除此之外，夫妻在受孕时身体状态不佳、精神压力过大，孕妇情绪不好，不良生活习惯，高龄怀孕等都可能导致胎儿发生唇腭裂等畸形。这些都是在预防唇腭裂发生中需要注意的问题。